世界盃亞洲區外圍賽共分為5個階段，43支報名球隊按2006年世界盃決賽週及外圍賽的成績排次序，首五位可直接晉身第三階段賽事。其餘38支球隊將會進行第一階段賽事，6至24位的球隊會抽籤與25至43位的球隊進行主客兩回合制賽事，19支勝出球隊中排名最高的11支球隊會直接進入第三階段，其餘8支勝出球隊將會進入第二階段。8支球隊兩兩捉隊廝殺，進行主客兩回合制賽事，勝出的4支球隊進入第三階段。第三階段20支球隊將分成5組，每組4隊以主客得分制形式進行，5組的首、次名將晉身第四階段。第四階段由10支球隊分成兩組以主客得分制形式進行，每組的首、次名直接晉身2010年世界盃決賽週。兩組的第三名則要進行兩回合制附加賽，勝方與大洋洲區的首名進行附加賽爭奪世界盃決賽週入場券。