51支球隊之中6支按照2007年7月世界排名最低的球隊將兩兩進行主客兩回合制賽事，但吉布提對索馬里只會進行一場過的比賽，3支勝出球隊將進入第二階段。3支第一階段勝出球隊與其餘45支球隊共48隊(包括主辦國南非)分成12組進行主客得分制賽事，12支小組首名與8支成績最好的次名共20隊進入第三階段。20支球隊分成5組進行主客得分制賽事，小組首名晉身世界盃決賽週。


註：如果南非進入第三階段賽事，其所得的分數只會用作非洲國家盃之用，南非並不會佔用非洲的5個出線名額。